希腊雅典大学有5个学院和22个系。

雅典大学有5个学院，22个系和7个独立的系。院长负责全院的工作，下设科室主任和专业主任。每个学院都有一个学院代表大会，一个院长会议和一个院长。部门管理机构包括国会、管理委员会和部门负责人。专业管理机构是代表大会和专业理事。各系隶属关系如下:神学院:神学系，牧神系。

法律、经济和政治学院:法律系、经济系和政治管理系。

健康学院:医学系(大学附属医院)、牙科系、药学系、护理系。

艺术学院:希腊语言文学系、历史考古系、哲学教育心理学系、英语语言文学系、法语语言文学系、外国文化系。

独立的院系有:体育运动系、小学教育系、学前教育系、家政系、戏剧研究系、大众传播系、音乐系。

有些系开设研究生课程，可以授予博士学位。