撤点和改正相结合产生的问题
县乡合并学校、集中学校的直接后果就是城镇出现了学生数量庞大的庞大学校、庞大班级，尤其是县城的高中，五六千学生、近万学生的中学不在少数。如此庞大的办学规模，给学校管理、学校文化建设、校风建设和教育资源再分配带来了新的问题。学校过于集中也给居住分散的农村学生带来不便。不仅路途遥远，而且存在安全隐患，增加了家长和学生的负担。寄宿制、一日制或租车制，家长付出的成本远远超过义务教育阶段免学费、书本费带来的收益，家长和孩子看不到赢在哪里。经济负担的增加成为学生辍学、辍学的重要原因之一。
为适应集中办学，解决上学路途远的问题，撤并学校后，农村地区普遍发展寄宿制学校。寄宿制学校会带来新的问题，因为大多数学校不是按照寄宿制学校的标准设计的，不能满足学生寄宿的基本要求，比如宿舍、餐饮、饮用水、洗漱、卫生、安全等等。十几个人甚至几十个人挤在大同铺上，卫生间却远在校园的另一个角落。即使这样的住宿也不能让所有学生都寄宿，所以镇上有大量的陪读。随行的读者大多是学生的爷爷奶奶。他们租房做饭，陪孙子上学。农村变成什么样了？孩子父母外出打工，爷爷奶奶陪孙子在县城读书。学校的撤并和办学的集中，迫使农村留守的老人和孩子进入城镇，而在农村，房屋被锁上，田地被遗弃，一片荒凉景象。
高中生寄宿，初中生很难，这并不奇怪。现在很多地方已经实行小学生寄宿，六七岁的孩子会在学校独立生活。即使学校的物质条件和管理水平再好，也代替不了孩子和家长的亲子关系。学校和教育行政部门似乎没有长远的考虑过，孩子从小学到高中在寄宿中度过12年，会对孩子的心理发展产生什么样的影响。一些专家建议学校应该配备校车接送孩子。有些学校确实这么做了，租用社会车辆接送孩子，车辆的安全性和司机的资质都没有保障。运营商为了降低成本，往往严重超负荷。还有家长共享农用车接送孩子，挤满孩子的敞篷农用车在崎岖的山路上颠簸。谁对他们的安全负责？在发达国家，我们经常可以在街上看到黄色的校车。公交车内的座椅高度和安全设施都是专门为儿童设计的，开校车的司机资质要求也比较严格。
村校合并还会带来乡村文化更深层次的断裂和本土认同的丧失。在中国传统农村文化中，学校是文化传播的中心，具有至高无上的地位。教师是乡村知识分子，学校和乡村密不可分。村庄会因为学校而变得更加完整，村民会以自己的学校为荣。学校、村民和农村文化构成了一个完整的文化共同体。在合并学校的过程中，相邻的几个村经常会因为哪个村撤并学校，在哪里合并学校而发生冲突甚至打架，可见村民对学校的感情之深。村民撤稿校对也很无奈。学生真的太少了。曾经引以为豪的学校，成了村民内心的痛。
研究
东北师范大学农村教育研究所学者刘指出，学校合并确实提高了校舍单位面积和学校经费利用率，降低了地方政府办学成本。然而，学校的撤并将一些政府的经济成本转移到了农民的经济成本、学生的时间成本和安全风险上。他的研究表明，退学后学校到学校的平均距离为4.05公里，安全风险增加；寄宿制学生年均支出1157.38元，成为农村家庭的额外支出。
西北师范大学学者白亮在甘肃某县的调查显示，当地存在大规模的教育资源浪费现象。到2009年初，这个县由希望工程或公益基金会投资的闲置项目学校有11所。一些合并的学校，很多是2004、2005年新建的。部分合并后的村小学只有学前班，大量教室闲置。另一方面，大量“超级学校”是学生集中到城镇后形成的，而国家对农村寄宿制学校的资金投入主要集中在学校教学设施建设上，对学生生活保障的投入普遍不足。