东南大学九龙湖

学校现有四牌楼、九龙湖、丁家桥等四个校区，占地5888亩，其中九龙湖校区3752.35亩，总建筑面积约89.54万平方米。学校图书馆占地面积6.69万平方米，拥有各类图书资料469万册，接入数据库检索平台149个(二级数据库233个)。学校还有无锡校区和苏州校区。

东南大学四牌楼校区

位于南京市中心，是六朝行宫遗址和明代国子监遗址，也是国立中央大学旧址。四牌楼校区是东南大学百年历史的象征，是海内外校友思念根的故乡，是东南大学培养学生认同感和荣誉感的重要基地。2006年，中央大学旧址被列入第六批全国重点文物保护单位，2016年入选“第一批中国20世纪建筑遗产”名录。

东南大学九龙湖校区

是东南大学新校区，位于南京江宁开发区，2006年9月投入使用。九龙湖校区建有教学区、科研实验区、行政区、本科生生活区、研究生生活区、教师生活区和后勤保障区，总建筑面积约59.9万平方米。

东南大学丁家桥校区

位于鼓楼区丁家桥，占地176亩，已建各类建筑26万平方米。现为医学教育和科学研究基地，东南大学附属仲达医院所在地。位于原国立中央大学医学院旧址。

丁家桥校区院系设置:东南大学附属仲达医院、医学院、公共卫生学院、生命科学学院、化学化工学院、生物科学与医学工程学院、海外教育学院部分专业、东南大学报(医学版)。