看到了伊娃的进步
1999年，董悦和碇唯在京都大学相遇。不久之后，六分仪汤元和东岳相遇了。那时，和魏已经有了联系。与魏关系密切，但同时又与她背后的组织Seele有联系。
2000年9月13日，第二次撞击发生。在南极大陆上，发生了给地球带来巨大灾难的异常变化，导致海平面上升，地轴扭曲。就像恐龙灭绝的传说一样，一颗巨大的陨石撞击地球后，灰尘覆盖了天空，导致全球气温下降。经济崩溃、种族冲突、内战...世界人口迅速减少，只剩下原来的一半。南极已经成为一个安静的残存区域。人类并没有像恐龙一样灭绝，但是复兴的工作极其严峻。
Shinji Ikari出生于2001，所有EVA车手都出生于这一年。
2002年，汤元和东岳去南极调查第二次大灾难的原因。国际联盟正式宣布，2000年9月13日发生的世界范围的灾难，是由一颗比光速快几倍的大质量陨石撞击南极大陆造成的。其破坏力相当于40亿年前地球与一颗小行星的撞击。但是没有人知道第二次灾难的原因。毕竟现实是很难隐藏的。在专家圈里，有一些保存下来的照片，撞击造成的光影里有一个巨人的影像。还有南极等地的幸存者说，在冲击波的中心有几对巨大的翅膀。被第二次大灾难吓得陷入自闭状态的马来西亚米里，受到了国联的保护。
2003年，国际联盟完成了对南极洲的调查，并根据调查结果，在箱根町建立了人工进化研究所。东岳第一次参观了人工进化研究所，然后开始协助汤元。人工进化研究所的地下有一个巨大的球形洞，NERV总部就是用这个洞建造的。至此，e计划启动，零机建设开始。
2004年，伊娃开始了这项实验。在年轻的真嗣面前，发生了一件意外。真嗣的母亲只是在实验中失踪，拯救计划失败。唯一一次事件后没多久，汤元决定转移“人类补充计划”(在此之前，他们的目的只是为了实施E计划)。
2005年，马来西亚美里和陆子在长野县第二新东京市的第二东京大学相遇，然后福田认识了马来西亚美里。不久，大司马和美里、马来西亚开始同居。在地下洞穴上方，第三座新东京城开始建设。
2007年，美里，马来西亚，傅分手。
2008年，赤木博士完成了麦琪的基础理论。陆子跟随母亲尚子，加入研究所，成为主要执行人。
2009年，Misato Katsuragi加入了该研究所。
2010年，NERV中央计算机MAGI完成的那一天，开发者赤木掐死第一个绫波丽后自杀。人工进化研究所已经被改编成一个新的秘密组织，NERV。
2012年，在祭奠母亲陵墓时，真嗣在父亲面前仓皇出逃。从那以后，直到2015，真嗣再也没有见过汤元。
2014，第二绫波丽转到第三新东京第一中学。
2015，使徒来了！距离第二次15年后，人类终于可以再次繁荣昌盛了。三套EVA已经投入实际使用，然后又发现了三个14的少男少女是EVA的司机，所以人们不得不把未来的希望寄托在他们身上。面对再现的使徒们，肩负着人类生存如此重大命运的少年们的战争，现在开始了。
偶尔在网上看了这篇文章，终于明白EVA在说什么了。决定每个人都有必要分享。文章太长了，你要有耐心，但是看完之后你可以很自豪的告诉别人你知道EVA在说什么，所以值得你耐心看完。
大地洪水时代，天地精华孕育，阴阳交融，从初名到默默无闻，两仪生四象，四象生八卦...停下来。反正经过了一个谁也解释不清楚的复杂的物理化学反应，生命之树开始在地球上生长，一级一级的产生出各种各样的生物，遍布在地球的陆地，海洋，天空，让世界充满了生机。终于有一天，生命之树长到了顶端，阳气和阴气的精华分别凝聚成了亚当和莉莉斯。亚当是男性，莉莉斯是女性的最高形式。在他们的“禁忌融合”之后，莉莉斯制作了一个“莉莉斯的蛋是黑色的月亮”，从中诞生了十八个使徒，其中十七个获得了生命之果。不知道是不是因为生命树上只有十七个生命之果，而十八使徒只能安于现状才能得到智慧之果，所以A.T.Field的实力太弱，无法维持一个一般的形态，只能以不同的形态存在，也就是人类。生命树已经不存在了，但是生命树中的“光和水”，也就是能量和传输物质，构成了人的灵魂。最终，生命之树只剩下一点根没有腐烂。
必须，成为后人所说的郎吉努斯长枪。亚当、莉莉斯和使徒2至17都进入了休眠状态，而仍处于无知状态的人类则分道扬镳。一些智者知道发生了什么，这些事情被作为传说写进了死海文书，甚至可能写进了《山海经》。.......
时光荏苒，那一年的第十八使徒，人类，已经走遍了地球，用智慧发展出了高度发达的文明，并宣称自己是世界的主宰。然而“心之屏障”将人与人隔开，他们的内心充满了冷漠和悲伤。孤独感迫使人类开始寻找新的生存方式...公元1947年，一些吉普赛人在约旦河谷的洞穴中意外发现了死海文书，震惊了考古界。它的解码工作持续了很多年，终于成功了。它的记载令人震惊，不仅指出了人类和使徒的起源，还指出了亚当和莉莉斯在未来某个时候所生的东西将回归本体，生命树将再次生长，诞生新的生命形式。在这个过程中，人类和使徒对亚当的控制是非常重要的，因为遗传因素全部出自亚当(所以亚当也被称为第一使徒和第一人)。回到莉莉斯的蛋后，控制亚当的人可以成为新的生命形式，或者成为神，而失败的人只会死(胜利者会死但灵魂会得救，呵呵)。所以，在约定的时间到来之前，使徒们一定会醒来成为人类的敌人，在人类成功回归之前，必须消灭所有的使徒。
为此成立了秘密组织Seele，在德语中是灵魂的意思。它以议长基鲁为首，制定了人类完成计划的脚本或时间表，其下属执行机构为GEHIRUN(意为大脑)，后更名为NERV(意为神经)。Seele在世界各地招募研究人员，其中一位是在京都大学从事研究的女学生碇唯。1999，她的研究报告引起了形而上生物学教授董越的注意。同时注意她的六分仪来源，是一心想往上爬的。他只用了几个月就搞定了魏，就这样加入了Seele组织，成为了第十三个成员(这个数字注定了他是一个被出卖的犹大)。随着研究的深入，Seele在2000年向南极派出了一支探险队，但只有杜源知道这次探险的最终目的。.......
上帝说，我会回来的，等我回来，我要毁灭世界！
诺亚按照上帝的旨意建造了方舟，于是地球上的生命从洪水中幸存了下来。这场大洪水是上帝的惩罚，被称为第一次冲击。从考古学的角度来看，古代确实有一场毁灭了世界大部分人口和许多史前文明的大洪水，而且它还留存在世界各民族的传说中。
2000年8月，来自葛城的探险队到达了南极。他们发现的巨大人形生命实际上是亚当和莉莉斯的融合。葛城的计划是夺取或控制亚当和莉莉斯的S 2器官，为了人类未来的完成计划，将亚当和莉莉斯分开并缩小。但是有一件事他不知道。亚当和莉莉斯无论合并还是分离都会释放出巨大的爆炸能量和反ATField力，这和核聚变和核裂变会产生大爆炸和冲击波的原理是一样的，只是爆炸当量不同。所以虽然亚当脱离莉莉斯造成的灾难不会毁灭全人类，但会杀死地球上一半的人口。16年后，第三次冲击是亚当和莉莉斯的重逢，整个世界将再次被毁灭。
一无所知的桂继续他的分离实验，甚至带着他的女儿。9月12日，受Seele指示的七元渡带着数据离开南极，实验在第二天的大爆炸中结束。强大的反阿特菲尔德力量唤醒了第二个使徒，也就是模糊照片中那个泛着白光的巨人。它巨大的翅膀遍布南半球，恶魔的咆哮将南方和南方极化成一片血海。巨大的海啸在几个小时内淹没了大片土地，造成数亿人死亡。在这场末日灾难中，只有被她父亲救了出来，逃了出来，齐后来回到南极，顺便把她救了出来。但奇缘渡的主要目的是找回亚当、莉莉斯和第二使徒，只留下了朗吉努斯枪(失语症的桂美里被关在南极考察船上近两年，而且好像找回工作持续了很久)。第二次冲击造成的连锁灾难直到2002年才逐渐平息。地球上的气候也变得奇怪了。比如日本，一年四季都变成了夏天，随时都能听到蝉鸣，很可能是因为地轴的偏转。
Seele从死海文书中得知，第二次冲击唤醒的不仅仅是第二使徒，实际上所有的使徒都已经觉醒，只是他们还需要一些时间来积累能量(第二使徒因为能量不足而被制服)。Seele还通过调查发现，撞击当天有一个奇怪的现象伴随着一个孩子的出生。这个孩子的名字叫Kaworu Nagisa，所以他很快就被监控到了。这孩子虽然被教育成了一个很有教养很有魅力的人，但他始终没有忘记自己的真实身份和出生目的，这是他自由和死亡的命运。..........
亚当问上帝，为什么世界上的一切都是独一无二的，我却如此孤独？所以上帝用他的肋骨造了夏娃。
公元1997年2月23日，生物进化史上第一只体细胞克隆哺乳动物——多利羊诞生了。
人类害怕手中握有上帝的力量，但也有人喊出踢翻上帝宝座的誓言:
上帝在他的天堂，与世界的所有权利！-seele座右铭
2004年，三岁的Shinji Ikari被带到箱根町人工进化研究所(GEHIRUN的对外名称)的第二地下实验场，在初始机器上见证了母亲转变为亚量子态(同步率400%)。不久，齐杜源把萧真思托付给一位住在很远的老师。父亲无情离去的背影成了珍思心中的噩梦，长大后不断从脑海中跳出。......
但他不知道身后的父亲和Seele在做什么。第二次撞击后，上百万吨的沙子从相模湾附近箱根町地区下方的巨大球形空间中被清除，表面安装了22层装甲，固若金汤。人类进化研究所就是基于此，莉莉斯被钉在了更深层下的中心教条区。作为人类完成计划的补贴，并行实施了E计划，给失去了S 2器官，从南极运来的第二个使徒穿上了束缚甲，成为了未来人类完成的重要工具——EVA小号手，通过复制得到了一个没有灵魂的EVA零机。但是，EVA没有灵魂同步是无法使用的。唯一的办法就是提取莉莉斯的灵魂物质，制造一个具有使徒能力的克隆人，让它服从人类。
与此同时，人类完成计划和E计划的主要实施者之一碇唯，也在秘密策划反叛seele。她试图将人类从未来的第三次休克中拯救出来，于是她利用第一号机整合实验的机会，主动将自己的灵魂完全融入到这个完成计划的重要工具中。杜源对碇唯的举动深感震惊，但他很快就开始利用形势实施自己的一套完成计划，将零号机器克隆的莉莉斯灵魂材料与碇唯的粒子体混合，甚至制作成马的样子。这种制造过程是通过虚拟系统实现的，通过虚拟系统，无数的二重身可以从一个主体克隆出来，共享同一个灵魂。于是，第一个孩子，0号机专属飞行员诞生了。绝对服从源渡，她在一顿责骂后杀死了刚刚制造完MAGI超级计算机的赤木博士，被用完的赤木博士自杀了。另一个被利用的人是EVA二号机的开发者，她的灵魂被二号机强行剥夺，导致她精神分裂，女儿明日香被选为在建二号机的专属驾驶员。对于杜源来说，二号机很难控制，甚至可能是Seele放在身边的平衡力，所以他试图把最重要的小号机交给儿子来控制。然而，选择信治作为第三个孩子必然会招致西乐的反对，所以杜源不得不耐心等待机会。
2015年6月14日下午12: 30，第三个使徒出现了，攻击了人类的要塞城市——第三个新东京。关东沿海地区全面戒严，战略自卫队的机甲部队和N2雷霆(即无核无核武器，但威力不亚于核弹)的攻击被宣布无效。杜源的机会终于来了，真嗣正在去NERV的路上。