三本和二本大学毕业证一样吗？

不一样。三本一般由学校的二级学院招收。毕业证上除了学校的印章，还会有二级学院的印章。所以含金量比第二本书低。比如暨南大学泉城学院的毕业证，会有暨南大学和泉城学院两个章。