国家如何奖励清华大学在《自然》杂志上发表论文？

没有奖励，但是还是有很多好处的。如果是清华大学的老师或学生发表的，荣誉属于清华大学，但主要属于作者。作者在申请项目和陈述个人成果时可以提一下，会加分不少。很多科研项目都需要发表文章的数量。如果文章有项目号，写报告的时候可以加上。如果作者是学生，一方面作为自然导师会给学生很多奖励，另一方面在申请奖学金时也会有优势。虽然在《科学》和《自然》上发表文章很难，但是中国已经有很多人发表了。