变形金刚第二部分的主要内容
火种源创造了最早的13变形金刚，他们是“质数”。为了获得更多的能量，这些变形金刚发明了“领导模块”(matrix？(领导矩阵)，可以用来驱动一个吸收太阳能量的装置(也就是产生能量块Energon的装置)。“质数”们在浩瀚的宇宙中寻找可以为他们提供能量的太阳，但他们也发誓，如果那个太阳周围有生命，他们不会染指。
“质数”来到地球，见到了早期人类。他们被视为神。堕落者想把领导模块据为己有，所以他选择背叛誓言。另外，12变形金刚把领导模块藏在了一个坟墓里，这个坟墓就是长老之墓。堕落的国王在杀害同胞后并没有停止搜寻。只有擎天柱，最后一个幸存的擎天柱后裔，能够阻止他。
第一幕:上海
NEST(非生物外星物种部)还在追踪霸天虎，铁皮，横炮，擎天柱，双胞胎机器人，军用Epps，Lennox都在。他们循着恶魔猎手的信号去找他，但是在接近的时候，恶魔猎手变形成了一艘巨大的飞船(预告片里的场景)，但是擎天柱和锡从他的身边攻击他，最后打败了他。与此同时，横炮也横着杀了过来。破坏者死前透露了“堕落金刚”的名字。
第二幕:山姆的家
一场关于教会城的听证会正在电视上直播。他们指责一家机器人公司故意隐瞒真相，但萨姆、蜜琪拉和萨姆的父母都知道真相。米歇尔打电话来时，萨姆正在收拾行李准备上大学。她对异地恋很苦恼。山姆口袋里的魔方碎片掉在地板上，在地上烫了一个洞，掉进了楼下的厨房，把大约六个厨房电器变成了变形金刚。微波炉和手机打起来了，微波炉把手机吞了，加热杀了。这些机器人跑上楼去追萨姆。还好大黄蜂来了。他摧毁了这些机器人，但也摧毁了房子。
萨姆把魔方碎片给了米歇尔拉，米歇尔拉把它藏在了他父亲的摩托车店里。霸天虎间谍轮(wheelie)偷听了他们的计划，准备盗取碎片。
第三幕:巢穴基地
擎天柱报告了关于“破坏者”的消息。美国国家安全协会(NSA)顾问加洛韦不信任汽车人。他说霸天虎来到地球是因为汽车人，他甚至提议总统驱逐汽车人。汽车人不知道“堕落之王”是谁，因为储存他们全部历史的魔方已经被摧毁了。声波偷听他们的报告任务，并知道威震天在海底的具体位置。
声波释放了机器狗(蹂躏)，然后机器狗和蜘蛛机器人“医生”闯入巢穴总部，偷走了魔方碎片。
第四幕:大学
山姆的室友利奥热爱美女，相信变形金刚的存在。他还开了一个网站，报道各地变形金刚的消息，但总是被另一个叫Robo Warrior的人开的网站抢走。
Leo黑进了学校网站的数据库，安排所有最漂亮的女生住在她们宿舍的楼层。于是爱丽丝进入了山姆的生活。
萨姆和利奥去参加聚会了。山姆总是产生幻觉，看到一些奇怪的符号(象形文字)。他试图把它们画在蛋糕上。爱丽丝拖着他去跳舞，这时山姆听到外面传来熟悉的汽车声。他出去一看，原来是一只大黄蜂。大黄蜂把萨姆带到了一个墓地，擎天柱也在那里。他们警告山姆魔方的碎片被盗了，并提出让山姆成为汽车人的代言人。萨姆不想去。他想过正常的生活。他不知道自己能做什么，因为擎天柱说服不了那些人。他怎么能做到呢？擎天柱信任山姆，没有强迫他。
第五幕:海底
机器狗和医生潜入海底，将火种源插入威震天体内，让他起死回生。
第六幕:教室
雷恩·威尔森在课堂上扮演萨姆的教授。萨姆打开书，开始快速阅读。那他就会产生幻觉。他疯了一样冲到讲台上画奇怪的符号，发表很多言论，比如爱因斯坦是错的，宇宙是怎么形成的。最后，他被赶出教室，跑到图书馆去读他祖父写的书。
第七幕:太空
威震天以赛博坦飞机的形式离开地球，去了另一个星球(可能是火星)。在那里，他遇到了红蜘蛛和堕落金刚。有了堕落之王，威震天只能跪拜。他们的关系类似于《星球大战》中西斯大帝和达斯·维德的关系。堕落之王说有一种方法可以重建魔方。威震天说魔方已经被摧毁了。堕落之王问他:“你不也一样吗？”堕落之王告诉威震天，山姆知道“领导模块”埋在哪里，要求他们立即找到他。威震天想要拥有“质数”的力量，堕落之王答应满足他，于是15霸天虎出发跟随威震天和红蜘蛛来到地球，而山姆已经在霸天虎的监视之下。
第八幕:米歇尔拉的摩托车店
米歇尔拉找到了一直在附近的轮子。轮子承认堕落之王命令他获取藏在残骸中的知识。米歇尔拉关上方向盘，带他去见萨姆。[编辑此段]第九幕:山姆的大学爱丽丝在山姆的卧室里，她靠近山姆到角落。米歇尔拉来到了，她正准备亲吻他。利奥在走廊里看到电视上有一个机器人，长得很像爱丽丝。原来，爱丽丝是一个由来自迪斯尼乐园的霸天虎控制的人形机器人。经过一番打斗，萨姆、米歇尔拉和利奥上了公共汽车，逃离了宿舍。在这种紧张的气氛下，利奥还不忘开玩笑，问山姆是不是未来派来救自己的(终结者笑话)。说着笑着，米歇尔拉把车撞到了电线杆上，“吻”了爱丽丝，然后从她身上碾过。然而，他们还没来得及感恩，就被一个霸天虎直升机机器人抓住了。
第十幕:工厂
红蜘蛛把山姆的车劈成两半，威震天对山姆说:“还记得我吗？我记得你。”然后他们开始折磨山姆，蜘蛛机器人“医生”用钢锯从山姆的头部获取信息。就在这时擎天柱和大黄蜂及时赶到，救了山姆和他们，然后开始战斗，直到打到工厂外的树林里。擎天柱问威震天堕落之王是谁，威震天说他来了你就知道了。擎天柱与三个霸天虎战斗，最后被威震天从背后刺杀。直到锡，一辆救护车和双胞胎机器人到达，霸天虎才离开。
战后，汽车人挡住了山姆，霸天虎再也找不到他了，于是求助于索尼克。索尼克以威震天的名义向地球上的每一个人广播了一条消息，将变形金刚公之于众，扬言如果在一个太阳周期内找不到男孩，霸天虎将一个个摧毁城市。山姆的父母恰好在巴黎度假，看到这一幕时惊慌失措。
第11幕:鸟巢总部
擎天柱死了，国安会解散了巢穴组织。萨姆感到懊悔。他后悔没有答应擎天柱的请求。他仍然被那些奇怪符号的幻觉所困扰。他写了那些符号，双胞胎机器人识别出它们是“质数”的语言，利奥也说他在“机器人战士”的网站上见过这样的字符。于是他们去找了“机器人战士”。没想到他是第一集的经纪人西蒙斯，现在在帮妈妈的熟食店干活。西蒙斯告诉他们，变形金刚其实在很久以前就来到了地球，并把他们带到地下室读取资料。山姆说，威震天坚信地球上还有另一种能源，汽车人对此无能为力，因为它对他们来说太古老了。米歇尔拉突然想起了他抢过的霸天虎之轮，决定从他那里获取信息。车轮告诉他们，地球上有一些叫做“寻找者”的远古变形金刚，但不清楚他们在找什么，只知道他们既不是汽车人，也不是霸天虎。这个轮子定位了65，438+00个“搜索者”，最新的一个在DC的华盛顿州。。(这一节很搞笑)
第12章:华盛顿特区
他们用各种有趣的方法进入博物馆。原来，华盛顿的“探索者”是一架喷气式飞机。他变成了一架飞机，呆在博物馆里。天火就像一个健忘的老人。他不记得自己在哪里，也不记得自己在找什么。山姆，他们答应天火，如果他帮助他们，他们会帮助他回忆。得知战争仍在继续，天火非常失望。山姆提到了堕落之王，触发了天火的记忆。
山姆画了那些符号，经过天火翻译，发现是方向。于是天火打开了一个虫洞，把所有人都送到了埃及。天火介绍了堕落之王的历史和吸收太阳能的装置。他说只有“擎天柱”的后代才能打败堕落之王，擎天柱是“擎天柱”最后的后代。当初，堕落之王为了发现自己是孤儿，不惜发动对塞伯坦的战争。山姆问“领导模块”能否救擎天柱。天火说设计之初没有考虑到这一点，但如果可以的话，这将是一股难以想象的力量【编辑本段】第十三幕:埃及人西蒙斯给军方的朋友伦诺克斯发消息，要求他将擎天柱运送到埃及。伦诺克斯同意了，并派了一支舰队去帮忙。但此时，来自四面八方的声波已经知道了山姆的位置。萨姆和米歇尔拉正在星空下聊天，突然意识到“领导模块”就藏在墓穴里！但是他们并没有在坟墓里找到任何东西，直到双胞胎在一次打斗中不小心在墙上砸了一个洞，他们也没有看到隐藏在墙后的领导模块！萨姆伸手去拿模块，模块一接触空气就变成了粉末。山姆从地上捡起模块，放进袜子里，准备去救擎天柱。
战舰和霸天虎几乎同时到达，声波切断了周围的通讯，给了战舰指挥官错误的指令，让他们坐在那里白等。萨姆和米歇尔拉跑向擎天柱，遭到红蜘蛛的袭击。然后堕落者出现了，他把自己传送到了金字塔的顶端。另一方面，海军也察觉到了不对劲，于是派出了侦察机。
建立一个派系成为大力士。威震天说他已经发现了变压器吸收太阳能制造能量块的装置。变形金刚向他要领导模块，因为没有它设备就无法启动。赫拉克勒斯爬上金字塔并摧毁了它，揭示了里面的设备。西蒙斯意识到这就是吸收太阳能量的装置。他用手机联系军舰，让他们做好战斗准备。后者知道自己被声波忽悠了。
山姆飞终于来到擎天柱身边，却晕倒了。在昏迷中，他看到了“质数”。在他们告诉他很多像命运这样的事情后，他们给了他领导模块。山姆醒来后发现领导模块(matrix)已经被重组，变成了一个短短的匕首样的东西(就是山姆在拖车里从地上捡起来的那个)。山姆迅速将模块插入擎天柱的胸膛，擎天柱起死回生，但他很虚弱。堕落之王瞬间移动自己，抢走模块，回到金字塔顶端。天火意识到他必须牺牲自己来帮助擎天柱。他贡献了自己的火种，安然离世。然后救护车来帮忙修理。最后擎天柱和天火合并，焕然一新，重装上阵。
威震天，红蜘蛛，堕落金刚都在金字塔的顶端。西蒙斯指挥舰队向大力神开火，再次打散大力神。能量块装置启动，擎天柱及时赶到，偏转装置击中威震天和红蜘蛛。堕落之王自称“擎天柱”，擎天柱说他杀兄弟的时候已经抛弃了自己的名字。擎天柱破坏了装置，并向堕落之王投掷碎片，威震天和红蜘蛛则在打斗中偷偷溜走。
获得天火之力的擎天柱与堕落之王对战，堕落之王却输给了擎天柱，最后被擎天柱解决。