上海交通大学物理系研究机构

物理系拥有国家工程物理教学基地和国家物理实验教学示范中心，设有理论物理、光学与光子学、凝聚态物理、等离子体物理、粒子物理宇宙学、太阳能、空间与天体物理、光学工程与量子光学、量子信息等学科和研究所。

理论物理研究所

成立于2000年4月。在多个研究方向和基础课教学中发挥了积极作用，不断取得创新成果。

光学科学与工程研究中心

是上海交通大学物理系光学的主要依托单位，也是国内最早从事激光与光电技术的单位之一。早在1965就开展了激光技术的研究，建立了我国最早的水下激光电视图像装置，获得了国家科技大会重大科研成果奖。

凝聚态物理研究所

凝聚态物理是国务院学位委员会(1981年)批准的首批具有博士学位授予权的学科之一。目前有凝聚态谱与光电子物理实验室、新功能晶体生长实验室和计算材料物理实验室。

原子和分子等离子体物理研究所

目前主要从事激光等离子体物理和低温等离子体物理与技术的研究，包括惯性约束聚变能源、基于激光等离子体的新型粒子加速器、新型辐射源技术、强激光与稠密等离子体相互作用的数值模拟方法、等离子体纳米技术、超快电子衍射成像以及其他强场中的超快现象。

粒子物理宇宙学研究所

成立于2009年2月，主要从事粒子物理、核物理、天文学、宇宙学等领域的国际前沿基础科学研究，培养相关领域人才。

国家工程物理教学基地

由基础物理教研室、物理实验中心和基础物理CAI研究室组成，并于2004年通过验收评估。2005年，教学物理实验中心被评为国家级实验教学示范中心。2008年，“基础工程课程物理教学基地国家教学团队”入选国家教学团队。