化石战争的进程
当科普在哈登菲尔德挖掘鸭嘴龙化石时，康涅狄格州纽黑文市耶鲁大学的教授奥斯尼尔·查尔斯·马什正在康涅狄格山谷研究恐龙足迹化石。马什来拜访浦克，并观察了鸭嘴龙挖的泥坑。此后，科普和马什一起挖出了一些新的化石，但是马什私下贿赂了公司的经理，让他把任何新发现的化石先通知他，于是他们之间的竞争就开始了。
1870年代，恐龙的发掘转向了美国西部。尤其是1877，在横跨堪萨斯州、内布拉斯加州和科罗拉多州的莫里森组发现了许多化石。莫里森组时代为白垩纪，位于西部内海道海岸。因为科普和马什都很有钱，科普出生在一个富裕的贵格会家庭，马什是著名企业家和慈善家乔治·皮博迪的侄子，所以每年夏天，科普和马什都会把自己的资产投入到挖掘化石的工作中，并在冬天公布他们的研究成果。
他们的发掘工作伴随着间谍、抢工、偷化石、贿赂等诸多指控。《大众科学》多次指责马什偷了他的化石，于是他偷了一火车的马什化石，送到了费城。马什也以同样的方式回应，从美洲土著人的墓地里偷化石，还发生了暴力事件。马什保护了自己的化石挖掘，甚至在其中一个里面埋了炸药，防止科普窃取。
《大众科学》和马什还试图摧毁对方的专业声誉。当马什指出科普的一只薄板龙重建了骨架，头部被错误地放在了尾巴上时，科普试图掩盖这个错误，甚至试图买下所有提到这个错误的科学期刊。首先指出这一错误的马什仍然宣布了这一科学错误。马什后来犯了一个类似的错误。他把错误的头骨放在了雷龙(也被称为迷惑龙)的骨架上。但直到1981年后，耶鲁大学皮博迪自然历史博物馆才发现了这个错误。
在许多层面上，马什应该是这场化石大战的赢家。他们的贡献非常大。共发现142个新标本，Marsh发现86个标本，大部分出土于怀俄明州科莫悬崖，而科普发现的只有56个，科普发现的新恐龙大部分已经命名或分类不清。马什发现的著名物种包括三角龙、异特龙、梁龙和剑龙；科普发现的著名物种有:异齿龙、圆顶龙、卡瓦古龙、独角龙。在化石战争之前，北美只有九种被命名的恐龙。之后增加到近150种。两人都提出了重要的理论:马什曾提出鸟类是恐龙的后代，科普则提出了“科普定律”:在地质历史中，生物是朝着越来越大的方向进化的。
科普被认为是比较好的科学家，但是他没有耐心，粗心大意。不过科普也是相当多产的，超过1200的科学研究，这个记录一直保持至今。相比之下，马什是一个更细心的科学家，政治关系也更好。他得以轻而易举地进入上流社会，结识了美国总统格兰特、罗斯·席尔德家族、水牛比尔、拉科塔族首领洪云等政要。