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(一)推进民办高校之间的合并重组，实现教育资源的优化配置。
总体思路政府可以采取鼓励措施，有选择地推进一批综合实力强、办学条件和质量优的民办高校，兼并一些实力较弱的民办高校，实现高校之间的资源重组。这样既能解决薄弱学校存在的诸多问题，也有助于推动一些好学校做大做强。当然，高校合并应该是实质性的资产合并，而不是松散的“顺”或“隶属”关系。
操作流程①拟合并高校* * *派员成立合并工作小组，经过充分协商，提出合并协议和合并方案；(2)合并高校自行召开董事会，审议通过合并方案和合并协议；(三)经教育行政部门同意(一)，合并高校双方协商一致，委托具有国家规定资质的会计师事务所和资产评估机构分别对学校财产、债权债务和举办者投入的资产进行审计、评估、界定和确认，编制资产负债表和财产清单；(4)合并院校应向审批机关提交合并申请书和可行性报告(包括合并决议、合并协议、合并院校董事会组成、财务清算报告、资产评估报告、合并后专业调整和师生安置方案等));(五)审批机关应当自受理之日起三至六个月内，委托教育专业评估机构组织专家对拟合并机构提交的申请和可行性报告进行论证和审查；⑥根据专家的评审意见，审批机关作出是否批准合并的决定；⑦经审批机关批准后，合并后的机构应按有关规定办理资产移交和变更登记手续，并重组内部领导机构。
(二)引入新的战略投资者，改变部分民办高校的举办者。
这里的大致思路分为两种情况:一种是学校原举办者不退出，产权不转让。它只是引入新的投资者把投资做大，原投资者和新投资者协商重新划分投资比例。同时，增资时明确学校资产的归属，合理区分原投资者投入、新投资者投入、政府投入资产、社会捐赠资产(含赞助费)和学校积累资产。另一种是原投资方全部或部分转让学校产权，引入新投资方后全部或部分退出原学校。相对而言，后一种方法更复杂，但在实践中更常见、更实用。
操作流程①原举办者请求学校董事会或理事会转让资产，并推荐新的举办者(资产受让方)(新的举办者必须符合《民办教育促进法》及其实施条例规定的条件)；②学校召开董事会会议，经2/3以上董事通过后，作出同意资产转让和变更发起人的决议，并向教育行政部门提出资产转让和变更发起人的申请(申请内容包括:学校发起人的书面意见、董事会转让决议、转让原因、实施方案和财务审计报告、 受让方的名称、地址、法人，金融机构出具的资产证明，转让后学校的办学宗旨和发展规划等。 );(三)经教育行政部门同意，由学校自行委托并经教育行政部门认可的具有规定资质的会计师事务所对学校资产和举办者权属范围内的资产进行清算，按照“谁出资，谁所有”的原则对学校资产进行合理评估和界定，并向教育行政部门提交学校资产和拟移交资产清单；(4)教育行政部门确认原举办者拟转让的资产后，由原举办者(资产转让方)和新举办者(资产受让方)交付资产，办理资产转让手续；⑤新老发起人完成资产交付并公证后，学校到审批机关办理发起人变更登记手续。
(三)对少数不具备办学条件且长期得不到改善的民办高校，允许终止或改变办学类型。
总的思路是，受自身资源条件和办学能力限制，在市场竞争中处于劣势，虽经努力但长期得不到改善，未造成严重后果，主要由举办者自己出资的民办高校，可以开辟一条相对宽松的通道，让其退出民办高等教育市场。①根据《民办教育促进法》第五十六条第1款规定，根据学校章程规定要求终止的民办高校，只要能够妥善安置学生，没有债权债务纠纷，应当允许其终止办学，自主处理善后事宜。②对于一些仍有兴趣继续办学，并有一定教育资源的举办者，可以考虑将其留在教育领域，但引导其从事非学历教育。
操作程序①要求自行终止办学的民办高校，须先经董事会2/3以上董事通过，并在会上作出决议；(2)学校提出学生安置、教职工辞退和学校债权债务的方案，连同董事会会议决议一并提交审批部门审查；(3)经教育行政部门批准后，根据《民办教育促进法》第五十八条规定，由学校自行组织清算，即由学校举办者委托具有规定资质并经教育行政部门批准的会计师事务所进行学校财务清算，并对资产进行审计、评估、鉴定；(4)清算结束后，按照《民办教育促进法》第五十九条规定的顺序清偿(在按规定偿还学生学费、支付教职工工资和养老金、缴纳应纳税款、偿还相关债务后，如有剩余，举办者可取回投入学校的资产原值和合理增值部分，剩余资产由教育主管部门统筹用于支持民办高等教育发展)；⑤妥善安置学生和教职工，妥善处理各类债权债务后，举办者应将办学许可证交回审批部门，并向登记机关办理注销手续；⑥要求转为非学历教育且符合条件的民办高校，按举办非学历教育机构的要求重新申报，审批部门应特事特办，尽快审批。
(四)对少数办学行为极不规范并已导致严重后果的民办高校，吊销办学许可证或实施强制终止。
总体思路对于违反相关法律法规，造成严重后果，但被责令整改后未能从根本上解决问题、消除影响的民办高校，教育行政部门可吊销其办学许可证，取消其办学资格，并强制学校终止。根据《民办教育促进法》第五十八条的规定，被审批机关依法撤销、终止的民办学校，由审批机关进行清算。
操作流程①审批机关(教育行政部门)依法作出吊销严重违法违规民办高校办学许可证的决定；(2)审批机关向被依法吊销办学许可证的民办高校派出清算工作组，启动财务和资产清算工作(具体清算业务可委托专业会计师事务所办理)；(3)审批机关在清算组进驻学校的同时，应妥善做好学生的安置和教职工的辞退工作，并提供必要的资金帮助和渠道支持(必要时请咨询公安机关介入学校维护稳定；在举办者有隐匿资产或者逃废债务的情况下，也需要请求人民法院协助查封或者冻结举办者的办学相关资产)；(四)在清算过程中，审批机关一旦发现学校不能清偿到期债务或者清算资产不足以清偿债务，应当按照有关法律法规的规定，及时通知学校举办者(债务人)和相关债权人，停止清算工作，建议债权人或者债务人直接向法院申请破产清算；⑤在不存在未清偿到期债务或者清算资产不足以清偿债务的情况下，清算结束后，审批机关将依据《民办教育促进法》第五十九条规定的清算顺序，督促学校启动清算；⑥妥善处理民办高校剩余财产分配后，审批机关收回办学许可证，责令学校办理注销手续，终止办学行为。
(五)对资不抵债、无法继续办学的个体民办高校，依法启动破产清算程序。
总体思路参照《企业破产法》第二条。③民办高校因“不能清偿到期债务，其资产不足以清偿全部债务或者明显缺乏清偿能力”，可以依法进入破产程序。破产清算申请可由债务人(即民办学校)或债权人(如贷款银行)向法院提出，法院将决定是否受理。
操作程序①法院受理债权人或债务人对学校的破产申请后，按照有关法律规定组织财产清算；(二)清算结束后，按照《民办教育促进法》第五十九条规定的顺序清偿债务；③妥善安置转学学生；④剩余财产的合理分配。