武汉交通大学设两个学校吗？

没有，根据官网信息，湖北省教育厅，武汉交通大学是一所院校，不是二本。武汉交通大学是指武汉理工大学交通学院，是教育部直属的全国重点大学。是首批纳入世界一流学科建设的教育部直属高校之一，首批纳入“211工程”。