王行公与王行公中的武汉大学。
从1934年6月到1945年7月，王兴工正式担任武汉大学校长11年，仅次于李达(14)。在武汉大学工作，实际主持校务17年，被国立武汉大学招录。在长期的工作中，王兴工逐渐形成了自己的办学思想，提出:“大学的任务是在道德上为人民树立榜样，在知识上探索先进的理论，在技能上研究促进社会进步的事业。”在他的不懈努力下，武大从1935开始研究生教育，到1936成立农学院，发展成为拥有全部5个学院，15个系，2个研究所的综合性大学。
1937年，抗日战争爆发。王兴功为高校搬迁做了及时稳妥的准备，使得武大在高校搬迁中受损最小。面对国难，王兴公多次发表演讲，呼吁抗日，以教书育人的方式在教学中灌输抗战精神，特别强调战争和困难时期的人格教育。
1938年，王兴工率学校迁至四川乐山，拒绝国民党在学校建立师部，保护进步学生，支持他们开展抗日宣传活动。
武大西迁乐山后，物资、资金短缺。王兴功尽力克服重重困难，坚持教学和科研的正常开展，使武大得以延续和发展。他不顾病痛，走遍抗战大后方，广纳学者名流。无论出身或派系，他都兼容并蓄，经常亲自邀请，从而聘请了许多优秀的教授，取得了卓越的学术成就。
他继承了蔡元培不拘一格、任人唯贤的传统，任命周毓生为教务长(朱光潜因政见不合被撤换)，赵世美为院长，叶圣陶、钟芳、张振儒、杨端六、陶隐、石生汉、胡岳等一大批知名教授学者到各系讲学。郭沫若、黄炎培等知名爱国民主人士也应邀授课，点评时局。武大在上世纪30年代成为“民国五大名校”之一后，再次与国立西南联合大学、中央大学、浙江大学并称为“四大名校”，也得到了著名科学史家、英国剑桥大学李约瑟博士的高度评价。武汉大学“乐山时期”的荣耀，王兴功是第一个带头的。
1947期间，中山大学多名学生在反内战、反饥饿、反迫害的反蒋示威中被捕。他多次与广州军政当局争论，要求释放被捕的爱国进步学生。被拒绝后，王兴功愤然离校。